MAN 2 LAMONGAN berdiri sejak tahun 1980 dengan nama MA Persiapan dengan Kepala Madrasah yang pertama adalah Drs. H. Imam Ahmad. Pada tahun 1990 berstatus MAN Filial MAN Lamongan yang pada saat itu Kepalanya di jabat oleh Bapak Drs. Busyairi. Kemudian pada tahun 1993 statusnya berubah menjadi Madrasah Aliyah Negeri dengan No SK Menag 244 Tahun 1993 dengan Kepala Madrasah Bapak Drs. H. Hudlori (alm). Pada tahun 2004 sampai dengan 2005 MAN 2 LAMONGAN dipimpin oleh Bapak Drs. H. Akhsan Qomar (alm). Pada tahun 2005 sampai Juli 2012 dipimpin oleh Bapak Drs. H. Hazbillah, M.Ag. Sedangkan Pada Juli 2012 sampai dengan sekarang tampuk kepemimpinan di MAN 2 LAMONGAN dijabat oleh Bapak Drs. H. Abd. Hakim, M.Pd. dan di masa kepemimpinan beliau inilah MAN 2 LAMONGAN mengalami kemajuan yang pesat, mulai dari perestasi peserta didiknya, prestasi madrasah sendiri. Disamping pada sisi sarana prasarana semakin ditingkatkan, terutama ruang dan gedung asrama bagi peserta didik.